Im Rahmen des CUBE-Projekts arbeiten die deutschen Partner eng mit drei zentralen kubanischen Partnern zusammen. Sie sind Unterabteilungen oder Forschungsstationen von drei verschiedenen kubanischen Universitäten. Ein zum kubanischen Landwirtschaftsministerium gehörendes Trainings- und Beratungsinstitut ist ebenfalls Partner. Darüber hinaus werden relevante Schlüsselakteure in die Ausarbeitung von Bioökonomie-Strategien einbezogen, die sozial ausgewogene territoriale Entwicklungsprozesse ermöglichen.